Quatro anos apos o incidente de Shadow Moses, uma nova organizacao terrorista conhecida como Dead Cell, tomou o controle da estacao de limpeza ambiental Big Shell e fez o presidente dos Estados Unidos de refem. Em resposta a essa afronta, o agente Raiden, da FoxHound, e despachado para resgata-lo e neutralizar a Dead Cell. Porem, ha indicios de que o lider da organizacao e ninguem menos que Solid Snake! Quando a situacao sai do controle, forcas misteriosas passam a agir, manipulando a situacao. Agora, Raide...