Apesar do estado gravissimo de Izana, a nave Sidonia consegue exterminar o Gauna gigantesco que aparecera na orbita do Planeta Seven. E superar juntos esse grande desafio fez o laco entre Nagate, Yuhata, Izana e Tsumugi se aprofundar ainda mais. Porem, nos bastidores do cotidiano animado dos quatro amigos, nas profundezas da nave que nenhum tripulante ousa chegar, o cientista Ochiai esta na reta final para a concretizacao da sua grande ambicao